Aby utrzymać wannę w czystości należy ją co pewien czas dezynfekować. Dotyczy to zarówno wnętrza wanny, jak i systemów kanalików, a także dysz oraz przewodów cyrkulacyjnych. Częstotliwość tego zabiegu zależy w dużym stopniu od tego, jak często bierzemy kąpiel, jakich środków myjących używamy, a także od jakości wody z sieci wodociągowej.

Niektóre wanny wyposażone są w system automatycznej dezynfekcji, więc nasza praca ogranicza się tu jedynie do uzupełniania płynu dezynfekującego w zbiorniku oraz wciśnięciu właściwego przycisku na panelu sterowania. Trzeba pamiętać, aby po zakończeniu procesu dezynfekcji dokładnie wypłukać letnią wodą zarówno samą wannę, jak i system przewodów.

W tańszych modelach wanien, gdzie nie ma systemu automatycznej dezynfekcji, należy wykonywać ją ręcznie. Polega to na napełnieniu wanny czystą, zimną wodą powyżej poziomu dysz, dodaniu do niej płynu dezynfekującego, w ilości 50 ml na każde 100 l wody oraz włączeniu na ok. 3 min masażu wodnego i powietrznego. Następnie napełnioną wodą wannę pozostawiamy na minimum 10 do 20 minut, po czym ponownie załączamy urządzenie na 3 minuty. Zabiegu dezynfekcji powinno się dokonywać nie rzadziej, niż raz na dwa miesiące, a producenci zalecają przeprowadzanie jej co 3 - 4 tygodnie. Nie możemy też zapominać, iż poza dezynfekcją wannę z hydromasażem należy – tak jak zwykłą wannę -systematycznie myć dostępnymi na rynku łagodnymi środkami czyszczącymi.

Wbrew powszechnej opinii w wannie z hydromasażem można bez przeszkód stosować wszystkie dostępne na rynku środki i płyny pielęgnacyjne. Mitem jest twierdzenie, że mydło, szampon, czy płyn do kąpieli niszczy bądź zatyka kanały, powodując awarię systemu. Do dezynfekcji używamy specjalnych płynów oferowanych przez producentów wanien z hydromasażem.